昆山位于東經120°48′21″~121°09′04″、北緯31°06′34″~31°32′36″,處江蘇省東南部、上海與蘇州之間。北至東北與常熟、太倉兩市相連,南至東南與上海嘉定、青浦兩區接壤,西與吳江、蘇州交界。東西最大直線距離33公里,南北48公里,總面積931平方公里,其中超過24%是水面。
昆山屬長江三角洲太湖平原。境內河網密布,地勢平坦,自西南向東北略呈傾斜,自然坡度較小。地面高程多在2.8~3.7米之間(基準面:吳淞零點),部分高地達5~6米,平均為3.4米。北部為低洼圩區,中部為半高田地區,南部為瀕湖高田地區。